Завершальним етапом технологічного процесу є зберігання зерна та запобігання розповсюдженню хвороб і шкідників. Збереження запасів зерна та іншої продукції від шкідливих організмів є надзвичайно важливим резервом збільшення його виробництва, особливо в умовах сьогодення.
Однією з найпоширеніших причин погіршення якості зерна під час зберігання є розвиток комах, кліщів і мікроорганізмів. На території України існує понад 100 видів комірних шкідників. Найбільш небезпечними є такі шкідники: великий та малий хрущаки, комірний і рисовий довгоносики, гороховий і квасолевий зерноїди, зерновий точильник, рудий борошноїд, зернова міль, борошняний кліщ, мишоподібні гризуни. Небезпека від них для агровиробників надзвичайно велика. Вони пошкоджують зерно, борошно, вироби з тіста. Всім цим шкідливим організмам властиве бурхливе розмноження внаслідок високої плодючості, відсутності діапаузи у більшості видів. Масова їх наявність може приводити до появи вологості й нагрівання в зерні та утворення цвілі. Також ними можуть пошкоджуватись сухофрукти, лікарські рослини, очищені земляні горіхи, пресовані залишки олійних культур (макухи). Поселяються вони в крупах, вівсяних пластівцях, солоді, дерті. Втрата ваги у пошкодженому зерні пшениці, кукурудзи, гороху становить від 24% до 50%. Уражені зерна значно або повністю втрачають схожість, що є наслідком дуже зріджених сходів посівів. Слід зазначити, що в борошні, крупі не допускається наявності живих чи мертвих комах.
Вітчизняна та зарубіжна наука досягла значних успіхів як в удосконаленні методів виявлення зараженості зерна, так і в розробці ефективних заходів щодо обмеження чисельності комірних шкідників. Проте слід пам’ятати, що кожен з прийомів не може забезпечити повної гарантії знезараження зерна та продуктів його переробки, а для цього належить обов’язково дотримуватись системи заходів, в якій передбачено вирощування якісного зерна, доведення його до високих кондицій перед завантаженням на зберігання, утримання складів в належному стані, систематичний контроль за шкідниками та робота із зерном і продуктами його переробки. Методів боротьби зі шкідниками є декілька: хімічний, фізичний (іонізуюче випромінювання), біологічний (ентомофаги) та інші. Найрадикальнішим, технологічно та екологічно доцільним і економічно вигідним є хімічний метод: аерозольна та газова дезінсекція.
Для газової фумігації потрібно використовувати таблетки на основі фосфіду алюмінію (алфос, фостоксин) та фосфіду магнію (магнотоксим, дегейтс плейтс). Слід зазначити, що фумігація може бути здійснена лише в герметичних приміщеннях. Якщо складське приміщення неможливо герметизувати, його дезінфекцію проводять аерозольним способом.
На особливу увагу заслуговує використання феромонів комах. Феромонні пастки насамперед дають змогу швидко та високоякісно з’ясувати наявність і видовий склад шкідників, виявити вогнища їх поширення, визначити строки та необхідність захисних заходів.
У зв’язку з високою токсичністю газоподібних отрутохімікатів забороняється фумігація об’єктів, розташованих ближче 200 м від житлових приміщень і 100 м від залізничних та автомобільних магістралей.
Також обов’язкові карантинні заходи, які запобігають проникненню на територію України різних шкідників. Виявлення карантинних організмів проводиться шляхом фітосанітарного контролю на митному кордоні (візуальна перевірка об’єктів регулювання для визначення регульованих шкідливих організмів або відповідності фітосанітарним правилам, перевірка на аналіз об’єктів регулювання в лабораторних умовах на наявність чи відсутність шкідливих організмів). Якщо карантинні організми виявлені, то протягом доби з моменту виявлення карантинного організму запроваджується карантинний режим. Також обов’язковим є дотримання карантинних заходів при переході з одного складського приміщення в інше.
Істотну роль у системі заходів захисту відіграють профілактичні: чистота в зерносховищах, складах, елеваторах, тари і транспортних засобів, зерноочисної техніки, прилеглих до складських приміщень територій, суворе дотримання встановленого режиму зберігання зерна і зернопродуктів його переробки, справність вентиляційних комунікацій, покрівель, вікон, дверей тощо. Як запобіжний захід застосовується також охолодження зерна для пригнічення життєдіяльності шкідників та профілактики. Охолодження зерна досягається зниженням його температури до 8-10 градусів при постійному контролюванні його вологості.
Не менш важливе значення має надходження на склади здорового, непошкодженого шкідливими організмами зерна, що можливе за дотримання рекомендованих технологій його вирощування та збирання і доведення до належних кондицій. Можливе також застосування термічного знезараження за максимально допустимих температур. Для партій насіннєвого матеріалу даний захід не рекомендується.
Дотримання всіх систем захисту гарантує надійне надходження та зберігання без втрат та погіршення якості зерна та продуктів його переробки. А постійний моніторинг шкідників – обов’язковий захід для забезпечення ефективного контролю, що є основою отримання продукції високої якості.